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MMinte:预测微生物群体内代谢物互作
R统计绘图
R语言基础系列:
你知道R中的赋值符号箭头<-
和等号=
的区别吗?
交集intersect、并集union、找不同setdiff
1数据类型(向量、数组、矩阵、 列表和数据框)
2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互
3数据筛选——提取对象的子集
4向量、矩阵的数学运算
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8分解数据框split和查看对象str
9模拟—随机数、抽样、线性模型
ggplot2绘图基础系列:
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3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布
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5通过图层构建图像
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9绘图需要的数据整理技术
高级统计绘图:
R做线性回归
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交互式可视化CanvasXpress
聚类分析factoextra
LDA分析、作图及添加置信-ggord
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添加P值或显著性标记ggpubr
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堆叠柱状图各成分连线画法:突出组间变化
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桑基图riverplot
微生物环境因子分析ggvegan
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多元回归树分析mvpart
随机森林randomForest 分类Classification 回归Regression
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Nat. Plant: 可持续农业生态系统中的核心微生物组
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Cell:人体肠道细菌与自身细胞的比例究竟是多少?
Nat. Micro.: 研究微生物,只靠多组学根本不够
COM: 土壤微生物组——从宏基因组学到宏表型组学
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Ann. Rev.:植物微生物组—系统见解与展望
Ann. Rev.:微生物组与人
微生物组学与植物病害微生物防治
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Nature: EMP揭示地球多尺度微生物多样性
Nature:人类肠道微生物组的肠型
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Nature:肠道菌群代谢物调节肠道与免疫
Nature: 拟南芥根微生物组的结构和组成
Nature: 地球上最古老的热液喷口发现早期生命迹象
Nature: 甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌
Nature:乙酸盐通过介导微生物-脑-β细胞轴促进代谢综合征
Nat. Genet.:微生物如何适应植物的? 评论 正文
Nat. Biotechnol.: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组binning
Nat. Methods: 宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集
Nat. Commun.:降低微生物群落复杂度突破组装难题
Nat. Micro:植物根系分泌物影响菌群结构
GigaScience:植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析
Microbiome:微生物组研究中你必须注意的细节
Microbiome:HiSeq平台16S扩增子文库构建方法
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Microbiome: 简单套路发高分文章—杨树微生物组
Microbiome:肠道菌群失衡促进高血压
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Nat. Micro.: 四分之一常用的非抗菌药物,居然也会抑制人体肠道菌群?
Sciences:用膳食纤维”钓”出15株缓解糖尿病的细菌!
Science: 肠道微生物可以转移到肝脏促进先天性免疫疾病发生
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PNAS:水稻微生物组
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